Schon im Jahre 1832 wurde in der Spitalgasse 142, dem jetzigen Vikarhaus, durch k.k. Salinenphysikus Dr. Franz Ferchl ein bürgerliches Krankenheim für Diener und Dienerinnen gegründet, ursprünglich eine Mühle und Bäckerei aus dem 16. Jahrhundert. 1837 erfolgte durch die Halleiner Schifferinnung eine Sammlung im Namen der leidenden Menschheit zur Gründung einer bürgerlichen Krankenanstalt für arme Dienstboten und Handwerksgesellen der k.k. Salinenstadt Hallein.
Diese Anstalt wurde am 1. Mai 1839 eröffnet, hatte aber sogleich mit Schwierigkeiten zu kämpfen, so dass sich die Ausschüsse veranlasst sahen, sich wegen der großen Ausgaben an die edlen Bewohner der Stadt Hallein zu wenden.
Im Jahre 1893 wurde das Haus Hallein 152 über Anregung des damaligen Bürgermeisters Schöndorfer in das Eigentum des Dienstbotenspitals übertragen und derart adaptiert, dass es mit seinen hellen, lichten, luftigen Räumen und seinen mehr als 40 Betten dem schönen Zweck, dem es zu dienen hatte, entsprechen konnte.
Das Jahr 1907 wird als das Entstehungsjahr eines öffentlichen Krankenhauses in Hallein angesehen, das der Aufnahme von Kranken aus den unteren Bevölkerungsschichten diente. 1954 verfügte man bereits über rund 130 Betten.
Aus bau- und feuerpolizeilichen Gründen sah man sich schließlich gezwungen, einen Neubau zu beginnen.
Am 13. April 1973 wurde das neue allgemein öffentliche Krankenhaus der Stadt Hallein am heutigen Standort, im Stadtteil Burgfried, Bürgermeisterstraße 34, bezogen. Es umfasste damals 180 systemisierte Betten und gliederte sich in die Abteilungen Interne Medizin, Chirurgie und Gynäkologie und Geburtshilfe, eine Röntgenstation sowie ein Labor .
1993 wurde mit 1.Jänner die Betriebsführung durch die Halleiner Krankenanstaltenbetriebsgesellschaft m.b.H. übernommen und damit eine Ausgliederung aus dem unmittelbaren Bereich der Hoheitsverwaltung der Stadt Hallein vorgenommen.
Seit 2017 steht das Krankenhaus Hallein im Eigentum der SALK, die bereits bestehenden Kooperationen im Bereich Chiurgie und Unfallchirurgie werden weiter ausgebaut.
2018 geht die Rechtsträgerschaft von der Halleiner Krankenanstaltenbetriebsges. m. b. H. auf die SALK über, wobei die derzeit vorhandenen Abteilungen erhalten bleiben.
Das Krankenhaus Hallein ist bereits seit vielen Jahren auch Lehrkrankenhaus der Paracelsus Medizinischen Privatuniversität.